Guide complet de la refacturation : règles fiscales et comptables 2025

La maîtrise des règles de refacturation est devenue un enjeu majeur pour les entreprises. Les erreurs liées à la refacturation entre sociétés peuvent entraîner des redressements fiscaux, notamment en raison d'une mauvaise application de la TVA. La Direction Générale des Finances Publiques (DGFiP) insiste régulièrement sur l'importance du respect des obligations fiscales dans les transactions interentreprises. (source DGFiP, 2025),

Refacturation en entreprise : guide pratique des règles fiscales et comptables 2025

Lorsque vous intervenez comme prestataire, il n’est pas rare d’engager certaines dépenses pour le compte de vos clients. Selon la nature de l’opération, ces frais peuvent relever soit de débours, soit de refacturation. Deux mécanismes aux implications comptables bien distinctes, qu’il convient de ne pas confondre.

Les débours correspondent à des dépenses effectuées au nom et pour le compte du client. Elles sont remboursées à l’euro près, sans générer de chiffre d’affaires ni de charge pour le prestataire. Elles n’entrent pas dans la base de calcul de la TVA ni de l’impôt sur les bénéfices.

À l’inverse, la refacturation de frais concerne des dépenses engagées par le professionnel dans le cadre de sa mission, qu’il refacture ensuite à son client. Ces frais sont considérés comme des charges déductibles, intégrés au chiffre d’affaires, et soumis à la TVA.

Il peut s’agir de frais de déplacement, d’hébergement, de restauration, d’impression ou encore d’achats spécifiques liés à la mission. Bien distinguer ces deux régimes permet d’éviter les erreurs fiscales et de tenir une comptabilité conforme.

Refacturation : définition et principes clés

La refacturation implique des obligations précises en matière de comptabilité et fiscale. Selon l'administration fiscale (source DGFiP, 2025), les entreprises doivent respecter des seuils spécifiques pour les opérations assujetties à la TVA : 101 000 € pour les ventes et 39 100 € pour les prestations de services.

La refacturation entre sociétés nécessite une attention particulière aux règles fiscales en vigueur, notamment concernant l'impôt sur les sociétés et la gestion du chiffre d'affaires.

Définition et cadre Légal

Pour établir la facturation conforme, les entreprises doivent distinguer deux types d'opérations : les débours et les refacturations stricto sensu. Cette distinction impacte directement le traitement des opérations soumises à la TVA.

Les opérations effectuées "au nom et pour le compte" d'une autre entité suivent un régime spécifique. L'entreprise qui refacture doit pouvoir justifier sa position d'intermédiaire transparent.

La gestion des ressources humaines est concernée par la refacturation de personnel, notamment dans le cadre du prêt de main-d'œuvre. En France, cette pratique est encadrée par le Code du travail, qui impose qu'un prêt de personnel entre entreprises soit réalisé à titre non lucratif (Article L8241-1 du Code du travail).

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Les différents types de refacturation

Dans le cas de la refacturation, l'administration fiscale distingue plusieurs catégories (source DGFiP, 2025). Les frais de déplacement et autres dépenses engagées suivent des règles spécifiques en matière de TVA.

La refacturation exige un suivi rigoureux des dépenses et une documentation claire pour assurer leur conformité fiscale. Les entreprises doivent déterminer si elles peuvent appliquer une marge selon la nature de l'opération. 

La refacturation est un outil de gestion stratégique qui permet non seulement de rationaliser les coûts, mais aussi de centraliser la gestion des ressources au sein d’un groupe ou entre structures partenaires. Elle peut s’appliquer à une large variété de domaines, tels que les ressources humaines, le recrutement, le marketing, l’informatique, ou encore la location de locaux et l’utilisation d’un siège social commun.

En regroupant les besoins de plusieurs entités, la refacturation permet de réaliser des économies d’échelle : les commandes plus importantes donnent souvent accès à de meilleures conditions commerciales auprès des fournisseurs — tarifs préférentiels, délais réduits, ou services complémentaires. C’est aussi un levier de simplification administrative, en réduisant le nombre de factures et en centralisant les achats.

La gestion centralisée des frais généraux représente un autre avantage clé. Elle permet de réduire les doublons, d’éviter les oublis de refacturation, et donc de gagner en efficacité tout en limitant les coûts superflus.

Enfin, selon la structure juridique du groupe, une politique de refacturation bien construite peut également contribuer à optimiser la charge fiscale et sociale, dans le respect du cadre réglementaire. Les charges refacturables sont ainsi des dépenses internes affectées à des prestations ou ressources partagées entre entités, avec une traçabilité comptable précise à maintenir.

Aspects fiscaux et TVA

Sur le plan fiscal, la refacturation de frais entre sociétés est en principe soumise à la TVA. L’entreprise qui refacture les coûts doit donc émettre une facture avec TVA, que la société bénéficiaire devra régler dans les conditions habituelles. Cependant, plusieurs exceptions permettent d’échapper à cette règle, sous certaines conditions précises :

• Lorsque les frais sont refacturés à un montant inférieur au prix de revient, l’opération est assimilée à un remboursement de débours. Dans ce cas, il ne s’agit pas d’une prestation de service soumise à TVA, mais d’un simple remboursement de frais engagés pour le compte d’un tiers — la TVA n’est donc pas applicable.
• Si la société bénéficiaire est établie à l’étranger et non assujettie à la TVA, la société française doit malgré tout facturer la TVA sur les montants refacturés. Toutefois, l’entreprise étrangère ne pourra pas la récupérer, ce qui impacte le coût final de l’opération.
• En revanche, si la société étrangère est assujettie à la TVA dans son pays — et que ce pays est lié à la France par une convention d’assistance administrative en matière de TVA —, la TVA française peut être facturée puis récupérée par l’entreprise étrangère selon les procédures prévues.

Il est donc essentiel, avant toute refacturation internationale, de vérifier le statut TVA du destinataire, la localisation de la prestation, ainsi que l’existence d’accords bilatéraux permettant une récupération de la taxe. Une mauvaise application peut entraîner des risques de redressement ou des pertes financières pour le client.

La traçabilité est un principe fondamental en matière de refacturation. Il est essentiel de conserver une documentation précise pour chaque transaction : factures, justificatifs de dépenses, courriels de validation, accords contractuels, etc. Cette rigueur documentaire assure une transparence totale et constitue une preuve indispensable en cas d’audit, de contrôle fiscal ou de litige.

Par ailleurs, toute refacturation doit faire l’objet d’une communication claire et anticipée avec les sociétés concernées. Avant de lancer la procédure, il est recommandé de définir et valider les modalités de la refacturation : nature des frais, montants, échéances, taux de TVA applicable. Cet alignement préalable permet de prévenir les malentendus, d’éviter les contestations et de sécuriser les relations inter-entreprises. Et cela est aussi vrai en matière de frais de déplacements professionnels.

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